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随着从天而降的光芒，作为神树守护者的辉夜出现在了祖之国，祖之国的天子将其纳为侧室，辉夜每日都仰望星空祈求和平。彼之国一直觊觎祖之国的国土，他们三番两次挑衅祖之国打算挑起战争，辉夜杀死彼之国士兵的事情成为了战争的导火索，为求自保天子竟下令追杀辉夜，失望透顶的辉夜开启了无限月度。
为了保护自己肚中的孩子，辉夜吞下了神树的果实，羽衣和羽村平安诞生了。羽衣和羽村长大后越来越看不透母亲的想法，在梦中看到预言的蛤蟆丸将羽衣和羽村兄弟俩引了出来，蛤蟆丸让兄弟俩知道了辉夜残暴的一面，当看到自己心爱的女友羽织被当做神树的供奉死去时羽衣觉醒了写轮眼，羽衣和羽村决定联手对抗自己的母亲。
对决的时刻到了，羽衣说服辉夜相信爱的力量，但两人终究无法理解对方。羽村被辉夜洗脑，一度与羽衣相互残杀。羽村终于清醒，辉夜为了取回全部的查克拉，与神树融为一体化身成十尾，与自己的孩子战斗。最终兄弟俩使用“六道?地爆天星”，制造出月亮并将十尾封印其中。但在被封印之前，辉夜将自己的意志化身为黑绝，并一直等待复活的机会，这件事羽衣并不知道。
在遥远的数千年前，六道仙人和弟弟羽村将辉夜与十尾封印在月亮之中。羽村为了监视辉夜去了月球。
和母亲一战之后大地受到了重创，羽衣为了尾兽和赎罪开始了旅行，在旅行中能够明白他的意志的人们聚集在了一起，羽衣用查克拉形成了人与人之间的羁绊，这就是忍宗的起源。之后，羽衣培养了两个儿子因陀罗和阿修罗。
年仅十岁的因陀罗发明了结印，他的发明极大的改变了忍宗的发展，而弟弟阿修罗却资质平平。在羽衣没有发现的地方，黑暗正盯着这对成长中的兄弟，因陀罗因为弟弟遇到危险而开启了写轮眼，这一切都在黑绝的计划当中，开启了写轮眼的因陀罗更加优秀，但他的性格也变得冷漠，资质平庸的阿修罗却能和大家打成一片。
开启血轮眼的因陀罗变得更加强大，但近乎完美的因陀罗身上却完全没有爱的存在，反而不成器的阿修罗被爱填充了内心。看到这些的羽衣变得迷茫，他不再确定把忍宗的位子传给因陀罗是正确的，为了选出合适的继承人，他为兄弟两人安排了一场试炼，阿修罗和因陀罗将各自前往存在尾兽的村子帮助那里的人脱离痛苦。
阿修罗和因陀罗被派遣前往两个有相同遭遇的村子，贫瘠的土地只能靠神树的残骸滋养，但在这里生存的人们却又同时受到神树汁液的侵蚀，日积月累生病的村民会越来越多，但如果此时贸然毁掉神树，又会回到之前饿殍遍野的惨状。因陀罗完成任务后很快便回到了忍宗，而阿修罗则准备传播忍宗真正的解救村民。
羽衣选出的忍宗继承人并不是优秀的因陀罗，和阿修罗一样前去处理神树危机的因陀罗却致使了村子的毁灭，他也提供给了村民水源，但这些都是由他一己之力办到的，不费力气得来的幸福让村民们相互争夺自取灭亡。这样的结果让因陀罗无法接受，他认为父亲和弟弟所说的爱根本就是多余的存在。在黑绝的唆使下，阿修罗和因陀罗的争执开始了，最终阿修罗击败了因陀罗。
在那之后，因陀罗另立门派，创立了尊崇武力的忍术派别。忍宗自此分裂成两个势成水火的体系。六道仙人将拥有写轮眼的不得志刻成石碑保存下来，可惜他没有想到这会被黑绝利用篡改，仙人的一片苦心最终都化作流水。
后来，就像因陀罗宣布的那样，二人间的战斗不曾停息，漫长而无止尽，不断地重复着。而在这些争战中，憎恨引发了更大的憎恨，膨胀到无法收拾的地步。战斗直到阿修罗与因陀罗死后，仍在继续。宇智波一族成为了故事的主角，黑绝充分利用了他们以及那块石碑，把内容改成了无限月读才是拯救宇智波一族的唯一途径。
二人的遗志被不断传承下，出现在新人体上，他们的后代就是千手柱间与宇智波斑，直至最后便是宇智波佐助和漩涡鸣人。因陀罗的后裔是宇智波一族与羽衣一族，阿修罗的后裔是千手一族、漩涡一族以及金角银角的先祖。而代代相传的阴阳双剑是六道仙人留给大弟子双海护身的兵器。
最终六道仙人羽衣走完了一生，临死前将尾兽们分散到世界各地，就是旅行时选中的故乡，祈祷它们能安然度日。可是终究事与愿违，在悠久的历史中，企图滥用尾兽力量的人层出不穷，磨光了它们对人类的耐心。
对于黑绝而言，复活辉夜有两个必要条件，一个是神树，一个是轮回眼释放的无限月读。然而轮回眼所必需的羽衣的查克拉，却分散到了因陀罗和阿修罗身上。能够组成十尾的尾兽们，也分散到了世界各地。想要复活辉夜，就必须集齐这全部的要素。
黑绝不得不经历一段漫长的岁月，为了重新凑齐羽衣的查克拉，它利用了在继承人战斗中败北的因陀罗。因陀罗的后代是宇智波一族，成为黑绝故事中的主要角色。羽衣留下的宇智波家的石碑，被黑绝稍稍做了修改，[只有无限月读才是拯救宇智波的途径]，而宇智波
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