开始了以北京为都城的长达260多年的统治。
顺治元年（1644年）十月，清军分南北两路进攻大顺军：北路由英亲王阿济格、吴三桂、尚可喜率领经大同、榆林、延安南下，南路由豫亲王多铎、孔有德率领经河南进攻潼关。同时，肃亲王豪格率领的一部清军业已占领河南、山东一些地方。翌年（1645年）正月，多铎在潼关击败大顺军，李自成率主力连夜撤回西安。潼关为清军所占，入陕门户洞开。阿济格部清军进入陕北后，以一部分兵力围攻据守榆林、延安的李过、高一功部大顺军，自己领兵南下西安。自此，李过、高一功部被切断了往西安的退路，被迫放弃陕北，取道汉中，由四川入鄂。在清军两路重兵合击下，李自成不得不放弃西安，取道商洛、豫西，转入湖广襄阳。
占领西安后，清廷命多铎部东进南京，摧毁弘光政权，命阿济格部继续追击大顺军。此时，50万大顺军已是军心涣散、纪律松懈、指挥混乱，在清军追击下，在襄阳、九江等地连败十三仗，丧失了全部辖地。五月，李自成率兵一部退至湖北通山县九宫山时，遭当地地主武装袭击，不幸牺牲，大顺政权遂而瓦解。其余部30余万后来在李过、李来亨等领导下与南明政权联合，继续抗清，最后于康熙三年（1664年）失败。
张献忠的大西政权由于地处四川一隅，对全局无太大影响，所以清廷在摧毁大顺政权和弘光政权之后，开始把注意力转向割据一方的大西军。顺治三年（1646年），豪格率清军由陕西入川，征讨“大西”政权。十一月，清军对张献忠在西充的大营发动了凌厉的攻势，农民军兵败如山倒，张献忠也在此役中中箭身亡。大西政权随之瓦解。其余部在孙可望、李定国领导下南走云贵，逐步走上联明抗清的轨道，成为永历朝的军事支柱。后来孙可望投清，李定国继续斗争，坚持到清康熙元年（1662年），最后失败。
明朝灭亡后，福王朱由崧监国南京，后即皇帝位，改元弘光。在面临战争这个关系命运存亡的问题上，也是举足失措。他们天天讲“讨贼”、喊“中兴”，报君父之仇，把主要危险和敌人看成是李自成和张献忠等农民军，以全力防御。其实他们对北方的情况一点也不了解，还看不到威胁南明存亡的已不是农民军，恰恰是清政权。六月间，史可法在《款清灭寇疏》中，还强调：“目前最急者，无逾于办寇矣。”事实是，农民军已被清、吴军击败，退到陕西后，一蹶不振了。而清已据有北京及其畿辅地区，正在准备南下。史可法及南明决策人还不以为意，说：“但清既能杀贼，即是为我复仇。予以义名，因其顺势，先国仇之大而特宥其前辜，借兵力之强而尽歼其丑类，亦今日不得不然之着数也。”他们把清入京看成是帮助明朝复仇的友好举动，主张继续借用清兵全歼农民军。与清议和，实行“联虏击寇”的方针，是举朝一致的意见，已成为南明一项国策。
顺治二年（1645年）四月辛未，清军围攻江北重镇扬州。督师江北的兵部尚书史可法率城中百姓抵御清军，最终扬州在被围五天后沦陷。清军攻破扬州之后进行了十天屠杀，史称“扬州十日”。五月初八己丑，清军自瓜洲渡江。清军攻克南京后，多铎命降将刘良佐带清兵追击弘光帝。五月二十二日癸卯，总兵田雄、马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策冲上御舟，劫持弘光帝，将其献给清军。豫王多铎命去锁链，以红绳捆绑。五月二十五日丙午，朱由崧乘无幔小轿入南京聚宝门，头蒙缁素帕，身衣蓝布袍，以油扇掩面，两妃乘驴随后，夹路百姓唾骂，有投瓦砾者。多铎在灵璧侯府设宴，命朱由崧居于北来太子之下。宴罢，拘弘光帝于江宁县署。
弘光政权覆灭后，东南地区先后又出现了两个明政权。顺治二年（1645年）闰六月二十七日，张肯堂、黄道周、郑芝龙等旧明官僚拥立唐王朱聿键在福州即位，年号隆武，是为隆武政权。次日，张国维、张煌言等另一批旧明官僚拥鲁王朱以海监国于绍兴，是为鲁王政权。两政权都占有一定地盘，拥有一定兵力，但政治腐败、内部分裂，相互间不能协同作战。
顺治三年（1646年）正月，清廷命博洛为征南大将军，南下浙、闽。五月，清军趁天旱水浅之机渡过钱塘江，鲁王江上诸军皆溃。六月，清军攻占绍兴，鲁王逃往台州。不久，浙东政权军事统帅方国安以及马士英等降清，宁波、温州、义乌等地失守，清军据有浙江大部。鲁王逃往海上，先后依靠郑彩、张名振、张煌言、郑成功等保护。顺治八年（1651年）九月，浙东政权的最后根据地舟山岛被清军攻占。鲁王往依郑成功。顺治十年（1653年）自去“监国”号，浙东政权结束。博洛攻占浙江后，立即挥师南下，分兵两路经衢州、广信（今江西上饶）扑向福建的隆武政权。金声桓部清军则开始攻赣州，进迫福建，切断唐王与湖广的联系。同时，隆武政权掌握兵权的郑芝龙暗中降清，“尽撤关隘水陆诸防”，使清军从容越过福建的门户——仙霞岭，八闽望风瓦解。朱聿键由延平急奔汀州。清赵布泰军经崇安进占福州，郑芝龙率11万军队投降。接着，清军攻占漳州、泉州、兴
本章未完，请翻下一页继续阅读.........