四月中旬，王继恩采用当年宋太祖入后蜀的故伎，分兵两路。一路奔巫峡，沿长江水陆并进，一路抢占秦岭山脉的剑门栈道。
在宋军压境之际，李顺的起义军主力正在围攻梓州，结果攻城80余天仍没攻下，不仅消耗了自身力量，更为严重的是贻误了战机，使之不能抽出更多的兵力进攻剑门关，使王继恩顺利通过天险剑门关，得以长驱直入。
王继恩入川后，首先集中力量夺取剑门附近的一些战略要地。他亲率大军进攻川北重镇剑州（四川剑阁），另一路由曹习统领为偏师，南攻阆州（四川苍溪境内）。由剑门关至剑州，一路上坡，不易攻取，王继恩没有从正面进攻，而是绕道小剑门，从西路旁攻，杀死农民军500余人，然后东攻汉源坡、育强岭，控制了南下剑门的道路，随后以主力居高临下，猛攻剑州。剑州被王继恩攻克，随后又在剑州南的40余里的柳池驿攻破500多农民军的防守，斩杀600余人。农民军残部四处奔逃，被杀或溺水而死者不可胜数。
接着王继恩又率军攻绵州（四川绵阳市），在当地地主武装的配合下，顺利攻克绵州。另一路由曹习统领的宋军也攻下了阆州，同时曹习又攻取老溪，农民军依险据守，终因力量悬殊而失败，3000多人牺牲，余众投江而死。
不久，巴州也被巡检史胡正违攻占，5000余守兵大多战死。至此王继恩全部占领了剑门关周围地区，控制了官军入川增援的道路，避免了被农民军堵截和供给不足的危险。
淳化五年（994年）五月，王继恩包围成都，这时，成都周围的城镇多被王继恩攻克，农民军缺乏外援，城内粮食和守城武器也不足，最后被王继恩攻陷，10余万义军3万多壮烈牺牲，李顺下落不明。王继恩在给宋太宗的报告说抓住了李顺，被押到凤翔（今陕西凤翔）处死。
王继恩攻占成都后，宋太宗召集群臣议功，中书省建议拜王继思为宣慰使。太宗认为不宜让宦官干政预事，宣慰使是国政之本，不可授于宦官，可授他其他官职。最后让学士张泊、钱若水议另立宣政使，授予王继恩，序位在昭宣使以上，并让王继恩领顺州防御史。王继恩手提重兵，据守成都，大摆威风。经常召集部下和亲信宴饮取乐。每次出行。总是前后奏音乐，骑兵肩卫，还备有专人执拿博局棋枰，威震郡县。王继恩的仆从也侍势蛮横，士兵剽掠钱财，奸淫妇女的现象更是屡见不鲜。大蜀府库的金帛140余万，被抢劫一空，官军所到之处，都给人民带来了沉重的灾难，使得许多百姓又重新定上反抗道路。这时，成都府巳改称益州，新任益州知州张泳向宋太宗反映王继恩在蜀为人骄横、军纪败坏，只顾饮宴，不尽力剿贼。宋太宗了解这—情况后，命令人内押班卫绍钦同王继恩共同管理成都事宜，又派遣枢密直学士张鉴、西京作坊副使冯守规乘传督促宋军加紧围剿起义军的残部。
王继恩的部将王文寿，率军2000余人在遂州一带追讨义军余部。王文寿对士卒粗暴专横，士卒动辄得咎。引起许多兵士的怨恨，指挥使张嶙趁王文寿就寝时斩杀了他。并率所部投奔了农民军将领张余，义军势力更大，很快占领了川东大片地区，发展到10万多人。
宋太宗听到上奏后，准备把投奔义军的士卒的妻子儿女全部处死。左右近臣以为不可，建议把他们的妻儿都集中起来，遗将帅前去招抚，示喻赦免他们的罪过，他们一定反归，如此以来，可以瓦解贼军，达到最终剿灭的目的。太宗以为是，令巡检程道符前往宣扬皇帝的旨意，一位逃亡的士卒斩杀了张嶙，将首级送给王继恩，其余的也纷纷归来。王继恩又以归卒为向导，最后彻底镇压了起义军。
王继恩这个三起三落到大太监在整个北宋政权中有功有过。
太宗后期，明德李皇后不喜欢赵恒，王继恩也看出来了，赵元佐那时候虽然有“疯”病，但时不时表现出来还是很聪明。
王继恩又想再来一次宫廷政变，扶持赵元佐上台，那样他的功劳就不得了。
王继恩开始活动，和李皇后、副宰相李昌龄、禁军司令李继隆等人结成小团伙，紧锣密鼓地筹划拥戴赵元佐上台。
只是人算不如天算，这一回他碰上了号称“大事不糊涂”的大宋名相吕端。
吕端这个宰相，小事从来不过问，但大事上很有原则，很有办法。
太宗皇帝公开表扬：吕端大事不糊涂。
太宗至道三年三月十九，吕端入宫探视太宗病情。
看出太宗已经非常危险了，傍边只有李皇后和王继恩。
吕端敏锐地发现不正常，回到办公室，立即给太子赵恒写封密信，要他马上进宫，以防不测。
正在这时，王继恩来了。
说奉太后命令请吕端进宫商量事情。
如果说王继恩是只老狐狸，吕端就是千年狐狸精，他立即明白，宋太宗已去世，老王这伙人要搞事。
他不动声色请王继恩进密室商议。
待老王进门，自己一转身出来了，一把关上门，搭上钥匙，卡
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